Die Kalk-Niedermoore der Rhön sind vorwiegend an den Hängen der Kalkberge angesiedelt. Ihre Entstehung ist eng mit den mittelalterlichen Rodungen verknüpft. Am Schichthorizont des porösen Muschelkalkes zum wasserabweisenden Buntsandstein sammelt sich das Grundwasser und tritt an den Unterhängen zu Tage. Im Moorkörper staut sich das Wasser, so dass das Quellmoor langsam hangaufwärts wächst. Die Kalkniedermoore sind in der Regel eher kleinräumig, jedoch hinsichtlich ihrer Vegetation sehr vielgestaltig. Je nach Wasserhaushalt stellen sich unterschiedlichste Pflanzengesellschaften ein, von Moospolstern über Kleinseggenriede bis hin zu Hochstaudenfluren. In einigen Kalkniedermooren der Kuppenrhön treten Kalktuffquellen mit sehr spezieller Vegetation auf.
	Die Niedermoore sind geprägt von artenreichen Pflanzenbeständen mit Schachtelhalmen (Equisetum spec.), Wollgräsern (Eriophorum spec.), Fieberklee (Menyanthes trifoliata), Sumpfherzblatt (Parnassia palustris), Sumpfdotterblume (Caltha palustris) und Trollblume (Trollius europaeus). Der Wasserdost (Eupatorium cannabinum) drängt stark in Flachmoore, die vom Nitrateintrag ihrer Umgebung geschädigt sind.
	Typischerweise wurden Hangmoore zur Streugewinnung genutzt und entsprechend spät im Jahr gemäht. Dies begünstigte auch die lichthungrigen Orchideen, die in den intakten Kalkniedermooren sehr konstant und teils in großen Mengen auftreten: Sumpf-Stendelwurz (Epipactis palustris), Mücken-Händelwurz (Gymnadenia conopsea), Großes Zweiblatt (Neottia ovata), Breitblättriges und Fuchs’ Knabenkraut (Dactylorhiza majalis und Dactylorhiza fuchsii). Die beiden letztgenannten Arten bilden auch häufig Hybridpopulationen.
	Kalk-Niedermoore gehören zu den besonders bedrohten und akut gefährdeten Lebensräumen in der Rhön. Sie sind zum Einen sehr schwierig zu pflegen, denn die Bodenbeschaffenheit lässt nur die manuelle Mahd mit leichtem Gerät zu. Zum Anderen sind sie von zahlreichen Umwelteinflüssen beeinträchtigt, beispielsweise von der Nitratfracht, die aus umliegenden intensiv landwirtschaftlich genutzten Flächen ungefiltert in die Moore eintritt. Auch der hohe Wasserverbrauch, der die Quellen austrocknet, gefährdet diesen fragilen Lebensraum. Beides, die Überdüngung und die Austrocknung, begünstigen hochwüchsige Kräuter wie Baldrian und Wasserdost, die schnell große Flächen überwuchern können und die konkurrenzschwächeren Orchideen zurückdrängen.
	Viele Kalkniedermoore liegen in FFH-Gebieten und werden im Rahmen des europäischen Artenschutzprogrammes Natura 2000 geschützt. In diesen Lebensräumen kommen auch prioritär zu schützende Tierarten wie die Windelschnecke vor. Die Schutz- bemühungen für diese Arten wirken sich positiv auf die gesamte Vegetation aus. Die langfristige Erhaltung dieser Lebensräume gehört zu den komplexesten Aufgaben des Naturschutzes im Biosphärenreservat Rhön. Das Überleben der Kalkniedermoore wird in Zukunft nicht nur von konsequenter Pflege, langfristigem Pflegemanagement und der Einrichtung großer Pufferzonen abhängig sein, sondern auch vom Umweltbewusstsein der Menschen.
	Eine weitere charakteristische und sehr rhöntypische Pflanzengesellschaft ist auf den Plateaus der Hohen Rhön anzutreffen: Feuchte Kleinseggen-Borstgrasrasen in quellenreichen Mulden über Basalt. Besonders häufig sind sie in flachen Gräben und Mulden, in denen sich das Quellwasser sammelt, und an Quellhorizonten vom Basalt zum darunterliegenden Gestein (Tertiär, Muschelkalk). Das Vulkangestein ist ein hervorragender Wasserspeicher, der das Regenwasser der niederschlagsreichen Hochlagen konstant und reichlich den Mulden zuführt. Schon von weitem sind solche feuchten Wiesenflächen an Wollgras und Trollblume erkennbar. Viele dieser Lebensräume sind bereits in die großen Naturschutzgebiete der Hohen Rhön integriert und werden extensiv bewirtschaftet.
	Solche Feuchtstellen weisen eine sehr spezielle Artenzusammensetzung auf: Typische Pflanzen sind hier Trollblume (Trollius europaeus), Herrgottsglöckchen (Geum rivale), Sumpf-Blutauge (Potentilla palustris), Sumpf-Veilchen (Viola palustris), Wald-Läusekraut (Pedicularis sylvatica), Sumpf-Herzblatt (Parnassia palustris) und an manchen Stellen auch die hochbedrohten rhöntypischen Arten Moorklee (Trifolium spadiceum) und Behaarter Mauerpfeffer (Sedum villosum). Das Pyrenäen-Löffelkraut (Cochlearia pyrenaica) zählt zu den ganz ausgefallenen Vertretern der Rhönflora. In solchen Biotopen wachsen als einzige Orchideenarten Fuchs’ (Dactylorhiza fuchsii) und Breitblättriges Knabenkraut (Dactylorhiza majalis).